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微生物學作為基礎生物學，不僅提供了一些重要的基于物理和化學原理探討自然生命過程的有關研究材料，而且作為應用科學，微生物學已經涉及醫學、藥學、工業、農業和環境中的許多實際問題。當今微生物學各個研究領域之間的延伸和相互交叉，微生物學和其他學科的相互交叉，是構成現代微生物學的顯著特征。

齊齊哈爾大學設置的微生物學科屬于生物學一級學科下的二級學科。微生物學的培養目標為利用微生物學科的理論、研究方法和技術手段，綜合進行微生物代謝、微生物生物轉化、微生物藥物研究領域內關鍵技術的研究與開發，培養我國微生物學和生物技術方向人才。

目前，已形成具有良好生源基礎條件、高水平的師資隊伍、明確的研究方向、各層次科研項目充足的資金來源等學科優勢。近5年來，共承擔科研項目30余項，其中國家重大專項4項、國家自然科學3項，省、市自然科學基金等項目共25項，獲得科研經費600余萬元，國內外發表學術論文50余篇,其中SCI收載10余篇；出版的代表性專著5部，申請或授權發明專利11項。

微生物學科內擁有一支在年齡、職稱、學歷等諸方面結構合理的教學科研梯隊，現有教師6人，其中教授1人（博士生導師1人）、副教授2人，講師3人，83%具有博士學位。多人留學美國和英國，科研經驗豐富。

微生物學科下設微生物代謝產物開發與制備、環境微生物學和微生物資源開發與利用等科研方向。